Calculer la formule brute et la masse molaire d’un peptide

Toutes les fiches de notre catalogue affichent une formule brute et une masse molaire calculées à partir de la séquence, puis comparées aux valeurs de la littérature. Ce calcul est simple et permet de vérifier n’importe quelle fiche, chez nous comme ailleurs. Voici la méthode.

Étape 1 : additionner les acides aminés libres

Chaque acide aminé a une formule à l’état libre. Les vingt acides aminés standard, plus quelques résidus fréquents dans les peptides de recherche :

Acide aminé	Code	Formule libre
Glycine	Gly	C2H5NO2
Alanine	Ala	C3H7NO2
Valine	Val	C5H11NO2
Leucine / Isoleucine	Leu / Ile	C6H13NO2
Proline	Pro	C5H9NO2
Lysine	Lys	C6H14N2O2
Arginine	Arg	C6H14N4O2
Histidine	His	C6H9N3O2
Acide aspartique	Asp	C4H7NO4
Acide glutamique	Glu	C5H9NO4
Méthionine	Met	C5H11NO2S
Tryptophane	Trp	C11H12N2O2

Étape 2 : retirer une molécule d’eau par liaison peptidique

Une liaison peptidique se forme par condensation : le carboxyle d’un résidu et l’amine du suivant perdent H2O. Un peptide de n résidus compte n − 1 liaisons, donc on retire (n − 1) × H2O.

Exemple : KPV (Lys-Pro-Val)

• Lys + Pro + Val = C6H14N2O2 + C5H9NO2 + C5H11NO2 = C16H34N4O6
• 2 liaisons : − 2 H2O = − H4O2
• Formule : C16H30N4O4, soit 342,4 g/mol, la valeur de la fiche KPV.

Étape 3 : corriger les modifications

Modification	Correction de formule	Écart de masse
Acétylation N-terminale (Ac-)	+ C2H2O	+42,0
Amidation C-terminale (-NH2)	− O + NH (soit −O, +N, +H)	−1,0
Palmitoylation N-terminale (Pal-)	+ C16H30O	+238,4
Pont disulfure (par pont)	− H2	−2,0
Complexe cuivre(II) 1:1	+ Cu − H2	+61,5
Pyroglutamate N-terminal (depuis Gln)	− NH3	−17,0

Exemple : Argireline (Ac-Glu-Glu-Met-Gln-Arg-Arg-NH2)

On additionne les six acides aminés, on retire 5 H2O, on ajoute C2H2O (acétyl) et on remplace l’OH C-terminal par NH2. Résultat : C34H60N14O12S, 889,0 g/mol (fiche Argireline).

Exemple : GHK-Cu

GHK libre : C14H24N6O4 (340,4). Le complexe perd deux protons et gagne un cuivre : C14H22CuN6O4, 401,9 g/mol (fiche GHK-Cu).

Étape 4 : de la formule à la masse

La masse molaire moyenne s’obtient avec les masses atomiques standard :

Élément	Masse atomique moyenne
C	12,011
H	1,008
N	14,007
O	15,999
S	32,06
Cu	63,546

Pour l’épithalon, C14H22N4O9 : 14 × 12,011 + 22 × 1,008 + 4 × 14,007 + 9 × 15,999 = 390,3 g/mol.

Pour la spectrométrie de masse, on utilise plutôt la masse monoisotopique (¹²C = 12,000, ¹H = 1,00783, ¹⁴N = 14,00307, ¹⁶O = 15,99491). La différence est expliquée dans Spectrométrie de masse.

Les pièges courants

• Oublier les modifications : un TB-500 sans son acétyl ou un peptide amidé calculé en acide libre.
• Confondre sel et peptide : la masse de la fiche est celle du peptide neutre, pas celle du sel de trifluoroacétate (voir TFA ou acétate).
• Ponts disulfure : un peptide cyclisé par un pont S–S pèse 2 Da de moins que sa forme réduite (voir Ponts disulfure).
• Résidus non standard : Aib, D-Nal, β-alanine, Dab… ont leurs propres formules (voir Acides aminés non naturels).

Pourquoi c’est utile

Recalculer la formule d’une fiche prend deux minutes et détecte une erreur de saisie, une modification oubliée ou une séquence approximative. C’est l’un des dix points de notre grille Choisir un fournisseur de peptides de recherche.